Филипп, а потом Александр не жалели ничего, чтобы обеспечить Аристотелю возможность заниматься науками. Александр, сам склонный к наукам, подарил Аристотелю солидную сумму денег, более тысячи человек обязаны были доставлять ему редких животных, растений и т. д. Смерть Филиппа застала Аристотеля еще в Македонии, он провел со своим воспитанником первые годы его царствования, но, когда Александр отправился в поход в Азию,
Аристотель уехал в Афины, оставив Александру вместо себя племянника своего и ученика, философа Каллисфена. Аристотелю в то время было пятьдесят лет. Некоторые историки утверждают, что
Аристотель сопровождал Александра в первых походах в далекие страны, и приводят в подтверждение своих догадок наблюдения Аристотеля за жизнью животных, которых нелегко было перевезти в Македонию. Достоверно известно только, что в начале царствования Александра связывали с его бывшим учителем общие интересы, живой же связью между ними служил философ Каллисфен.
Аристотель возвратился на родину — в Стагир, разрушенный Филиппом II в войне против Афин. Там он провел три года (339–336 годы до н. э.). В это время (338 год до н э) произошло решающее для всей Эллады событие — сражение при Херонее (в Беотии), в котором Филипп II нанес поражение соединенному греческому войску и стал властелином всей Эллады. Эпоха классической Греции как совокупности полисов на этом заканчивается. Придя к власти, Александр из уважения к своему учителю восстановил разрушенный Стагир. Признательные соотечественники воздвигли в честь мыслителя великолепное здание, где он мог учить своей философии, окруженный любовью и почетом, но
Аристотель решил вернуться в Афины.
В335 году до н. э. философ прибыл туда с женой Пифиадой, с дочерью и воспитанником Никанором. В Академии в то время главою платоновской школы был Ксенократ Аристотель при поддержке македонян, и в первую очередь своего друга Антипатра, которого Александр, ушедший в поход против персов, оставил наместником на Балканах, открыл собственную школу. Правда, как иногородцу, ему разрешили открыть школу лишь за чертой города — к востоку от городской границы Афин, в Ликее. Ранее Ликей был одним из афинских гимнасиев (местом для гимнастических упражнений). Он находился рядом с местом Аполлона Ликейского, что и дало название и гимнасию, и школе Аристотеля.
На территории школы находились тенистая роща и сад с крытыми галереями для прогулки. Так как «прогулка» и «крытая галерея вокруг двора» по-древнегречески «перипатос», то школа Аристотеля получила второе название — «перипатическая». Правда, существует и другая версия возникновения этого названия. Аристотель учил, прогуливаясь по тенистым аллеям. Диоген Лаэртский говорит, что эта привычка развилась вследствие заботы Аристотеля об Александре, которому он запрещал много сидеть. От этой привычки и получило название школа.
Вскоре после переселения Аристотеля в Афины умерла жена его Пифиада, Аристотель горько оплакивал свою потерю и воздвиг ей мавзолей.